Chikhristu cha Yaquis ndi chomwe chidalola kuti chipembedzo chifalikire mu 1609, ndikulowera kudera la Sonora.
Munthawi ya Colony, Sonora imangofanana ndi malo otsetsereka a Sierra Madre Occidental mkati mwa bungweli. Dera lomwe linkadutsa kumpoto kuchokera ku Mtsinje wa Yaqui, kuphatikiza Real de la Cieneguilla, limatchedwa Pimería Baja ndi dera lakumpoto kwambiri kuchokera ku Real mpaka ku Mtsinje wa Colorado - womwe kale uli ku North America ku Arizona - unkatchedwa Pimería Alta.
Gawo lamakono la Sonoran limaphatikizaponso dera laling'ono kumwera chakumadzulo kwa komwe kumadziwika kuti Pimería, m'chigawo cha Chihuahua ndi Ostimuri, malo omwe ali m'mphepete mwa nyanja ya Gulf of California, pakati pa mitsinje ya Mayo ndi Yaqui.
Mu 1614 amishonale a Pérez de Rivas ndi a Pedro Méndez adalimbikitsa ma Mayan mdera la Ostimuri, kugawa uthengawo m'magawo atatu: Santa Cruz (pakamwa pa Mayo), Navojoa ndi Tesia.
A Tepahues adaphatikizidwa ndi a Cornicaris mu 1620. Abambo Miguel Godínez adakhazikitsa utsogoleri wa San Andrés de Cornicari ndi Asunción de Tepahui. . Chaka chomwecho Rectorate of San Ignacio idakhazikitsidwa, yomwe idaphatikizapo kuwonjezera pa mautumiki asanu omwe atchulidwa pamwambapa a Bacúm, Torín ndi Rahún, omwe ali pakamwa pa Yaqui.
Mu 1617 a Yaquis adatembenuzidwa ndi makolo a Pérez de Rivas ndi Tomás Basilio. Ngakhale anali kuzunzidwa, zipolowe, kuzunzidwa, komanso kuphedwa, kutembenuka kwa Sonora kunali kwachangu komanso kotetezeka. Pofika m'zaka za zana la 17, maJesuit adakulitsa ndikukhazikitsa ntchito ya Maycoba ndi Yecora kumwera chakumadzulo kwa zomwe amadziwika kuti Chínipas.
Mamishoni ochokera kumtsinje wa Yaqui kupita kumpoto adagawika m'magulu anayi: a San Borja adagawa magulu a: Cucumaripa ndi Tecoripa , anakhazikitsidwa mu 1619; Movas ndi Onovas, mu 1622; Sahuaripa mu 1627; Matape mu 1629; Onapa mu 1677 ndi Arivechi , mu 1727. The Rectorate of the Holy Holy Martyrs of Japan yomwe idaphatikizapo Batuco yomwe idakhazikitsidwa mu 1627, Oposura mu 1640 ndi Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca ndi San Miguel Bavispe , yomwe idakhazikitsidwa mu 1645. Ndipo Rectorate ya San Javier yomwe idalumikiza utumwi wa Ures mu 1636; Aconchi, Opodepe ndi Banámichi mu 1639; Cucurpe ndi Arizpe mu 1648, ndi Cuaquiárachi mu 1655.
Mu 1687 mmishonale Eusebio Francisco Kino adalowa mu Pimería Alta ndikuyamba mamishoni a Rectorate of Nuestra Señora de los Dolores, kukhazikitsa: Caborca, komwe Francisco Javier Saeta adatumizidwa yemwe amasunga makalata ndi thandizo lake lauzimu, bambo Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera ndi Imuris.
Pambuyo pothamangitsidwa ndi maJesuit, mishoni zidasiyidwa kwa anthu aku Franciscans, omwe sanamangire enanso ndikungodzipereka kuti asunge omwe adalipo kale. AJesuit atakhazikitsa midzi ku Sinaloa ndi Sonora, adatembenukira ku dera la California.
